Guerra continua con l’imperatore di Germania
Onorio III (1216-1227); Gregorio IX (1227-1241); Innocenzo IV (1241-1254) diede l'approvazione papale all'uso della tortura per estorcere confessioni dai sospetti eretici. Sotto questi tre papi l'imperatore Federico II di Germania condusse il suo impero nella più grande lotta con il papato. Dopo ripetute guerre il papato emerse supremo.
Alessandro IV (1254-1261); Urbano IV (1261-1264); Clemente IV (12651268); Gregorio X (1271-1276); Innocenzo V (1276); Giovanni XXI (1276-1277). Nicola. III (1277-1280); Martino IV (1281-1285); Onorio [V (1285-87); Nicola IV (1288-1292); Celestino V (1294).
Inizio del declino papale
Bonifazio VIII (1294-1303) nella sua famosa bolla «Unam Sanctam» affermò: «Dichiariamo, affermiamo, definiamo e pronunziamo che è assolutamente necessario per la salvezza, che ogni creatura sia soggetta al romano pontefice». Egli stesso era comunque cosi corrotto che Dante, che visitò Roma durante il suo pontificato definì il Vaticano una sentina di corruzione, e lo relegò insieme a Nicola III e Clemente V alle peggiori parti dell'Inferno.
II papato era risultato vincitore nei 200 anni di lotta con l'impero germanico.
Bonifazio ricevette il papato al vertice, ma trovò un degno avversario in Filippo il Bello, re di Francia, ai cui piedi il papato fu umiliato nella polvere, iniziando così il proprio declino.
II papato sotto controllo francese
Benedetto XI (1303-1304) fu pontefice mentre Filippo il Bello era principale monarca d'Europa.
Tra il popolo francese si andava sviluppando un sentimento di nazionalismo e uno spirito di indipendenza, frutto senza dubbio, in parte, dei brutali massacri degli Albigesi di Francia, avvenuti nel secolo precedente (ved. pag. 640). E Filippo il Bello, con il quale ha inizio la storia della Francia moderna, inizio la lotta contro il papato. Il conflitto con Papa Bonifazio VIII ebbe inizio a motivo della tassazione del clero francese. Il papato venne sottomesso completamente allo stato e dopo la morte di papa Benedetto XI, la sede papale fu stabilita a Avignone, al confine meridionale della Francia, e per 70 anni il papato fu soltanto uno strumento della corte di Francia.
La “cattività babilonese” del papato
Sono i 70 anni (1305-1377) in cui la sede papale fu ad Avignone. Clemente V (1305-1314); Giovanni XXII (1316-1334) fu l'uomo più ricco d'Europa; Benedetto XII (1334-1342); Clemente VI (1342-1352); Innocenzo VI. (1352-1362); Urbano V (1362-1370); Gregorio XI (1370-1378).
L'avarizia dei papi di Avignone non conobbe limiti. Vennero imposte tasse gravose, ogni carica ecclesiastica veniva venduta per danaro e vennero create molte nuove cariche, onde venderle e riempire così i forzieri dei papi per mantenere la loro corte lussuosa e immorale. Il Petrarca accusò la corte papale di violenza, adulterio e ogni sorta di fornicazione. In molte parrocchie, per proteggere le proprie famiglie, gli uomini insistevano affinche i preti avessero delle concubine. La «cattività» fu un colpo al prestigio papale.
Lo scisma papale
Per 40 anni (1377-1417) vi furono due serie di papi, uno a Roma e l'altro ad Avignone, ciascuno sostenendo di essere «vicario di Cristo» e scagliando anatemi e maledizioni l’uno contro l'altro.
Con Urbano VI (1378-1389), la sede papale venne riportata a Roma. Bonifazio IX (1389-1404); Innocenzo VII (1404-1406); Gregorio XII (1406-1409); Alessandro V (1409-1410).
Giovanni XXIII (1410-1415) fu da alcuni definito il più depravato criminale che avesse mai seduto sul trono papale e si rese colpevole di quasi ogni delitto. Cardinale a Bologna, 200 tra fanciulle, suore e donne sposate, caddero vittime dei suoi amori. Da papa violento vergini e suore, visse in adulterio con la moglie del fratello, si rese colpevole di sodomia e altri vizi innominabili. Comprò la carica papale e vendette quella cardinalizia a fanciulli di ricche famiglie. Nego apertamente la vita futura.
Martino V (1417-1431) sanò lo scisma papale. Questo era però stato considerato in Europa uno scandalo, e a causa di ciò il papato perdette gran prestigio. Eugenio IV (1431-1447).
I papi del Rinascimento
Nicola V (1447-1455) autorizzo il re del Portogallo a muover guerra contro popoli africani, prendere le loro proprietà e farne schiavi.
Callisto III (1455-1458) fu un papa dalla vita irreprensibile.
Pio III (1458-1464), che si diceva fosse padre di molti bambini illegittimi, parlava apertamente dei metodi da lui impiegati per sedurre le donne, incoraggiava i giovani ai piaceri licenziosi, offrendosi persino di istruirli sui relativi metodi.
Paolo II (1464-1471) riempì di concubine la sua casa.
Sisto IV (1471-1484) approvò l'inquisizione spagnola e decretò che con il danaro si potevano liberare le anime dal purgatorio. Fu implicato in un complotto per assassinare Lorenzo de' Medici ed altri che contrastavano la sua politica. Si servi del papato per arricchire se stesso e i suoi parenti, e fece cardinali otto dei suoi nipoti mentre alcuni di essi erano ancora ragazzi. Quanto a trattenimenti lussuosi e dispendiosi rivaleggio con i cesari, e per ricchezza e pompa, egli e i suoi familiari superarono le antiche famiglie romani.
Innocenzo VIII (1484-1492) ebbe 16 figli da varie donne sposate. Moltiplico le cariche della Chiesa, vendendole per grandi somme di danaro. Decreto lo sterminio dei Valdesi ed inviò contro di essi un esercito. Nomino Inquisitore Generale di Spagna il crudele Tommaso di Torquemada, e ordinò che tutti i sovrani consegnassero gli eretici nelle mani di costui. Permise le corride in Piazza San Pietro. Su questo sfondo si levò il grido di Savonarola contro la corruzione papale.
Alessandro VI (1492-1503), definito il più corrotto dei papi del Rinascimento, fu licenzioso, avaro e depravato. Acquisto con danaro la carica papale e per danaro creò molti nuovi cardinali. Ebbe un certo numero di figli illegittimi che egli riconobbe apertamente e che nominò a alte cariche ecclesiastiche mentre erano ancora bambini. Insieme al padre, essi assassinarono cardinali ed altre persone che si trovano sul loro cammino. "Ebbe per amante la sorella di un cardinale, che divenne poi papa PIO III (1503).
I papi dei giorni di Lutero
Giulio II (1503-1513), il più ricco dei cardinali, con vaste rendite che gli provenivano da numerose sedi vescovili e immobili della Chiesa, poté acquistare con danaro il seggio papale. Da cardinale si fece beffe del celibato. Coinvolto in infinite contese per il possesso di città e principati, mantenne e guidò personalmente vasti eserciti, e venne pertanto chiamato il papa guerriero. Rilasciava indulgenze per danaro, e Lutero che visito Roma ai suoi giorni rimase sbigottito da quanto vide.
Leone X (1513-1521) era papa quando Martin Lutero iniziò la Riforma Protestante. Era stato arcivescovo all’età di 8 anni e cardinale a 13, e prima di raggiungere tale età aveva già ricoperto 27 diverse cariche ecclesiastiche comportanti ampie rendite. Gli era stato insegnato infatti a considerare le cariche ecclesiastiche puramente come fonte di reddito, e effettuò un vero mercanteggiamento per ottenere la poltrona papale. Vendette onori e cariche ecclesiastiche, mentre ne venivano create molte altre nuove. Nominò cardinali dell’età di 7 anni e fu in interminabili trattative con re e principi, giostrando per la conquista del potere temporale. Altamente indifferente del benessere religioso della Chiesa, mantenne la corte più lussuosa e licenziosa d'Europa. I suoi cardinali facevano a gara con principi e re in palazzi splendenti e trattenimenti voluttuosi, serviti da stuoli di servitori. Questo individuo voluttuoso riaffermo i principi della «Unam Sanc-tam» nella quale si dichiara che ogni essere umano deve per la propria salvezza dipendere dal romano pontefice. Emise indulgenze a tariffe stabilite e dichiarò mandato divino bruciare gli eretici.
Adriano VI (1522-1523); Clemente VII (1523-1534); Paolo III (1534-1549) ebbe molti figli illegittimi e fu nemico dichiarato dei protestanti, offrendo un esercito a Carlo V perché li sterminasse.